印尼衛生部公布，繼本年9月28日雅加達西區Cengkareng鎮Rawa Buaya村一名21歲之青年因禽流感死亡，10月8日蘇門答臘島廖省(Riau) 省會Pekanbaru一名44歲婦女近日因感染禽流感死亡， 13日爪哇島西部Banten省Tangerang地區一名12歲男孩於本年10月13日因禽流感死亡，以及10月22日再發生一名4歲女孩因禽流感死亡，使印尼因禽流感死亡之人數增加至89人，為全球因禽流感死亡人數最多之國家。迄今首都雅加達共發生26個案例，有23人死亡。

由於印尼回教新年連續10天長假，估計有2,500萬人返鄉，為加強宣導禽流感預防措施，由美國國際開發署(USAID)出資贊助之社區禽流感控制計畫高層官員，提供雅加達公車業主2萬餘件印有禽流感防治要點之公車位座套，提醒返鄉人士將有關防制禽流感之重要訊息轉告親友，以教育鄉民有關農場安全之措施。

研究已證實，由於禽流感病毒曾經發生突變，能夠感染人類呼吸道系統，易於由禽類傳染給人類，惟目前尚未到人傳人之情況，其防疫工作基本上仍屬公共衛生人員之責任。但科學家擔心，如病毒再經一錯誤的突變，則可能產生劇毒，目前尚無有效之治療藥品，將變成人傳人之可怕疫情。

雖然雅加達地區於本年元月已規定禁止在住處養殖禽類，或在市場販賣活禽，但政府並未認真執行。本年印尼回教新年假期長達10天，禽類需求大為提高，加上媒體常有雞商使用防腐劑或在雞肉灌水之報導，消費者為確保衛生及新鮮，喜歡購買活雞，因此印尼各地傳統市場活雞交易熱絡，成為禽流感防疫之一缺口。

自2003年禽流感暴發以來，專家們對於禽流感如何傳染到人類，以及疫苗對禽類之效果迄未有定論。 H5N1被認為是印尼及越南禽流感疫情之病毒，但世界衛生組織公共衛生專家Richard Brown稱，實際上人們對該病毒之瞭解仍然有限，4年來之研究迄未有突破性之進展，部分原因是有些發生疫情之國家，為顧及顏面，不願意提供相關之資訊。

至本年10月12日止，全球共發生331件禽流感病例，其中203人死亡。這與目前全球共4千萬人為愛滋病帶原者相比較，就統計數字而言，禽流感並非一重大公共醫療問題，也和2002及2003年間所發生之SARS不同，SARS雖在初期造成恐慌後，當時人們很快就瞭解其傳染方式。但是迄今人們對禽流感仍缺乏了解、極高的死亡率和害怕、對禽類養殖帶來之重大打擊、加上禽流感能穿越國界等種種原因，使其成為一令人關注之疾病，認為其病毒很容易到處傳播，以致發生會造成可怕災難種種憶測。對於人類在何階段受到感染、到底是在接觸到病禽或吃了病禽肉之後、以及WTO所認為之2日至10日之潛伏期是否正確、媒體報導病毒產生人傳人之突變可能造成人類大量死亡之疫情等節迄未有定論，Brown則強調應有正確之資訊，以免扭曲了事實。其他如有關野鳥在疫情傳播上所扮演之角色如何等等，專家之看法仍相當分歧，各國所採對抗禽流感之措施亦不盡相同。

有關禽流感疫苗之使用方面，中國及越南使用疫苗之作法，使得泰國禁止疫苗之規定受到檢視。主要係因泰國為禽肉製品最大的出口國之一，使用疫苗其產品就無法出口。目前泰國每年出口約30萬公噸禽肉製品，金額達約10億美元，其中超過90%為出口至歐盟國家。聯合國農糧組織跨境動物疾病緊急中心動物生產官員Christine Ahlers稱，疫苗之使用並非一簡單之問題，除了使用外，尚有監督、以及疫情暴發地區之決定及控制等問題。如再加上其他生物安全措施，則會更具效果。